第二军医大学附属长海医院胸心外科创建于1951年，是我国成立胸心外科专业较早的单位之一。我国著名的胸心外科专家蔡用之教授是我科的创始人和第一任科主任。 1955年开展二尖瓣狭窄闭式扩张及其它心血管手术。1963年在国内首先开展人造心脏瓣膜的研究工作，并于1965年6月12日在国内首次应用国产球型心脏瓣膜替换二尖瓣成功，推动了我国心脏瓣膜外科的发展，在国内、外引起了很大的反响，评为当年国内十大科技新闻之一。
1986年张宝仁教授任命为第二任科主任。1988年，成为全军胸心外科研究所，1997年我科实验室被批准为全军心脏外科重点实验室，1997年，胸心外科被批准为国家“211工程”重点建设学科，1998年被批准为上海市医学领先学科，2000年被评为全军医学专科中心“重中之重”研究所，2001年被批准为国家重点建设学科。
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